DIVE-Sea : Sous la coordination du MNHN, 6 expéditions menées en Méditerranée, Bretagne, Manche, Guadeloupe et Nouvelle-Calédonie ont déjà collecté plus de 2000 spécimens couvrant tous les grands groupes d’eucaryotes marins. La grande majorité sont identifiés à l’espèce par des taxonomistes, et entrés dans les collections du MNHN. De nombreuses autres expéditions sont prévues dans les années à venir.
SEQ-Sea : Mis en œuvre par le Genoscope (CEA), le séquençage de milliers de génomes marins est un challenge technologique et logistique. Avec déjà plus de 75 génomes séquencés, une phase de montée en puissance est en cours, en parallèle de l’élaboration de protocoles d’extraction d’ADN et de séquençage concernant les taxons les plus difficiles.
BYTE-Sea : Coordonné par le CNRS et l’Institut Français de Bioinformatique, l’infrastructure informatique nécessaire au programme ATLASea recueille, trace et analyse l’ensemble des données et métadonnées produites, et les présente dans des portails dédiés pour servir la communauté.
L’objectif de cet appel à projets est de financer des projets qui utilisent l’information génétique des organismes marins pour identifier et étudier les voies de synthèse de molécules d’intérêt pour divers secteurs d’activité comme l’agronomie ou la médecine. Pour cela, des verrous doivent être levés. Par exemple, près de 50% des gènes identifiés dans les génomes marins sont entièrement nouveaux, sans homologie avec des gènes connus. Les voies métaboliques partant des composés simples présents dans l’environnement et aboutissant à des molécules complexes sont difficiles à décrypter. Pour répondre à ces défis, des propositions de recherche sont sollicitées afin de créer deux consortiums sur deux axes complémentaires. Le premier travaillera sur l’annotation fonctionnelle des gènes impliqués dans les voies métaboliques à l’aide de méthodes bioinformatiques. L’objectif sera de prédire les protéines mises en jeu lors de la synthèse de molécules d’intérêt grâce à des algorithmes s’appuyant sur les plus récentes avancées dans le domaine, y compris l’apprentissage profond. Le deuxième axe s’attachera à explorer et tester ces fonctions dans des modèles expérimentaux couvrant différents domaines de la biodiversité marine, y compris des unicellulaires planctoniques et des métazoaires complexes.
L'appel à projets se déroulera en deux étapes. La première étape, obligatoire et sélective, consistera à déposer des lettres d’intention de deux pages. Ces lettres expliqueront en quoi l’équipe candidate sera en mesure de contribuer individuellement aux objectifs de l’axe sur lequel elle se positionne. Un nombre réduit de propositions de lettres sera ensuite retenu après évaluation par un comité d’évaluation interne du PEPR ATLASea, en association avec la présidence du comité d’évaluation des projets complets. Dans une seconde phase, les propositions présélectionnées en phase 1 seront invitées à former un consortium par axe. Chaque consortium déposera un projet complet, qui sera évalués par un comité d’experts internationaux mis en place par l’ANR.
L’aide allouée pour cet AAP financera deux projets, pour un montant total de 3,6 M€, soit 1,2 M€ maximum d’aide pour l’axe 1 et 2,4 M€ au maximum pour l’axe 2. La durée des projets devra être de 4 ans. Les bénéficiaires des aides sont des établissements d'enseignement supérieur et/ou de recherche. Les entreprises et les établissements étrangers pourront avoir le statut de partenaire dans les projets, mais ne bénéficieront pas de financement au titre de cette participation.
